在中国哲学史上，有关“气”的讨论有相当长的历史，譬如先秦时期有管子的“精气说”、庄子的“气论”，汉代有王充的“元气说”，张载则是宋代理学气论的代表。尽管学界在张载理学是否是气本论、“太虚即气”的解释等方面仍有争议，但不可否认“气”“气化”理论在张载哲学中的重要地位。一般来说，人们习惯将明代气学的源头追溯至张载，明代的气学家，如罗钦顺、王廷相、王夫之等确实对张载及其思想表现出了极大的兴趣，但是对明代气学形成的考察，仍然要回到明代理学的发展趋向中。
在明代理学的发展过程中，明儒与朱子的关系尤为值得关注。朱子学是明代理学的主流，尽管明中叶以后心学兴起，极大冲击了朱子学，但是继承、诠释朱子学仍然是明儒的主要选择。由于社会背景和理论背景的变化，加之朱子学结构庞大繁复，不仅阳明对朱子格物理论有不同的看法，甚至连明代朱学的后继者们都对朱子的理气关系多有新解。那些颇具创新性的解读，使得朱学后继对朱子的继承偏离了朱学本身，由此开出了明代理学的新格局。这种新诠释，体现了明代理学的新视角、新方向，也是其理论创造的基础。只有明确这一点，才能够真正把握明代气学、明代学术的发展走向。
理气关系是朱子哲学体系中最重要的一部分。关于理气关系，一方面，朱熹强调理在气先，通过“未有天地之先，毕竟也只是理”“有理，便有气流行，发育万物”，表达理对气、本体论对生成论的超越性，这便是理气“不杂”；另一方面，朱熹也反复说明“理又别非一物，即存乎是气之中”，气是理的“挂搭”处，这里所讲的就是理气“不离”。这两种说法似乎相互矛盾。实际上，理与气无所谓先后，但在逻辑上有一种先后关系，也就是说，理在气“先”是一种逻辑上、价值上的在先，而非时间上的在先，“理与气本无先后之可言，但推上去时，却如理在先气在后相似”，这就是朱熹经常强调的“从理上看”和“从物上看”。这种理在气先的先在性，实质上强调的是本源、价值对于实存的超越，是强调任何本源、价值都必须而且只能够落实在现实事物中。为了进一步说明理与气的形上、形下之别，朱熹还用“如人跨马”的比喻来分说理气与动静的关系，“太极理也，动静气也。气行则理亦行，二者常相依而未尝相离也”，也就是所谓理静气动说。所谓理静气动，是为了突出二者形而上、形而下之别，彰显理之纯净、气之杂驳；而“如人跨马”的比喻，突出的是理对气的统摄与超越。朱子清楚明白地阐明了这些问题，但在明代朱学后继者眼中却并非如此。在明代朱学后继者看来，理无动静，依气而行，这不仅不能说明理的先在性、本体性，反而恰恰降低了理（或者太极）的地位，削弱了理的至上性、绝对性。他们将朱熹哲学的理气关系视为一种理论“缺陷”，认为在继承、维护朱学的同时，有必要对此进行修正，比如，为理增添能动的属性来突出天理绝对自足的特性。
明初理学家曹端就质疑朱熹的人马之喻，认为此喻完全体现不出理的作用，则“理为死理，而不足以为万物之原”，理成为了一种完全被动的东西。曹端要强调的是理对事物运动的启动发用作用，理对于气虽然有乘载上的关系，但更有主导、驾驭的作用。曹端对朱熹“太极不自会动静”的反驳，将朱熹的“死理”变为“活理”，其初衷是为了维护理的至上性。但问题就在于，理一旦具有了启动发用属性，就同时失去了“净洁空阔的”形上特质。明代儒者对于朱子学的演变，正是从对朱子学的修正、维护开始的。及至薛瑄，则重点关注理是否在气先的理气关系问题。薛瑄对朱子的“理在气先”提出异议，认为用“未有天地之先”去证明理先于气是错误的，因为天地未形成之前，已存在构成天地的气，也就是说，天地未有之先，不仅有理，而且有气。气的存在与宇宙一样，是永恒的，气的运动有不同的阶段，而无论在哪一种状态或阶段，理都存在于气之中，因此他强调，“理只在气中，决不可分先后。如太极动而生阳，动前是静，静便是气，岂可说理先而气后”，这是从理气动静的角度表达理不在先、气不在后，这就否认了从本体论向度对理气关系的思考。对于理气关系，薛瑄明确坚持把理理解为气中的实体，以理与气的不可分割，否定了朱子的理在气先。
曹端与薛瑄在朱子理气论的问题上所表达观点、态度具有一致性，这表明了明代理学的总体发展目标就是彻底解决朱子理气关系问题，实现理、气二者的合“一”化。这种将朱熹的理先气后转变为理气不可分割的观点，既标志着明代理学向气学的转向，也包含了从本体论向生存论、从超越向现实转向的可能性。因为朱熹的理先气后是“从理上看”，主要从本体论的角度提出；理气相即不离、不可分割是“从物上看”，主要是针对实然存在而言。
罗钦顺作为明代朱学后继，批评了朱熹的“理先气后”，认为“理气为一物”，断言理并不是形而上的实体，实体只是气，理作为气之理、作为气运动的根据和内在法则，是这一实体固有的属性与条理，理与气并不是“二物”。这就将气视为理气为一的根源，理的产生与形成只有从气的角度才能得到合理的解释。由此，程朱的理气关系被完全颠倒：从理在先变为气在先。理只是气之理，是气机生化的条理的论述，改变了理的内涵、消解了理的超越性，程朱“天理”所具有的本体性、超越性被消解而不复存在，“天理”不再是本体论层面的，只落实于客观事物层面。从这一点可说，罗钦顺实现了从理本论向气本论的转向。
王廷相进一步发展了罗钦顺的说法，对程朱的理气论作了前所未有的批判，提出元气论，认为元气充塞、流行于宇宙之间，天地万物都是一气所化，这是王廷相宇宙论的主要内容。在王廷相看来，元气是万物得以产生的基础，元气生成了我们现实生存的宇宙，元气气化流行的过程即是宇宙生成的过程，元气浑然充塞于宇宙之间，是宇宙的实体、世界的本质。至此，气学彻底摆脱了程朱理学的影响，成为明代理学架构中独立且重要的一环。
气学在其形成的过程中，以程朱理学的继承者的身份出现，并不与程朱理学相对立。在对程朱理学的变革中，气学重视并追寻宇宙根源的生成论，排斥并消解程朱理学的本体超越意识，由此形成了自己独特的天道观。气学与程朱理学的最大差别表现为二者完全相反的理气观。朱子创造以天理为本体的宇宙本体论，预设了理气不离不杂，既体现了天理本体、价值理想对宇宙万物、现实世界的超越与统摄，又指出天理内在于宇宙万物之中，理想价值的实现不能摆脱现实的世界。气学只认可理与气的“不离”，并将理气为二视为朱子哲学的理论缺陷，只接受、继承朱子的宇宙生成论，否认了朱子的本体论。直至罗钦顺改变了“天理”的内涵，将理解释为气质条理，这种解释消解了程朱“天理”的本体超越意识，由此，北宋以来历代理学家追求的理想价值与超越意识，被宇宙生化和经验求知所取代。可见，气学不断地强调实然层面的宇宙生化以及具体的经验求知，这是气学较之于程朱理学的特殊之处，也是气学演变的必然结果，并贯穿于气学演变的全过程。质言之，明儒对程朱理学中“天理”的继承、推进和转化，是在不同的社会背景、理论背景下，对原有问题的新诠释、新思考。
